Vastavalt Eesti Puitmajaliidu põhikirjale on liidu juhatus viie- kuni seitsmeliikmeline ning valitakse kaheks aastaks. Juhatusse kuulub vähemalt üks esindaja nii palkmajade kui puitkarkassmajade (sh elementmajade) tootjatest.
Eesti Puitmajaliidu juhatuse koosseis 14.05.2021.a. toimunud üldkoosoleku otsusel:
Martin Talts - KMT Prefab OÜ (juhatuse aseesimees)
e-post: martin@kmt.ee
Mihkel Urmet - arhitektuuribüroo TEMPT OÜ
e-post: mihkel@tempt.archi
Andres Veel - Hiiumaa Ametikool
e-post: veel@hak.edu.ee
Tegevjuht:
Annika Kibus
e-post: annika@puitmajaliit.ee