Vastavalt Eesti Puitmajaliidu põhikirjale on liidu juhatus seitsmeliikmeline ning valitakse kaheks aastaks. Juhatusse kuulub vähemalt üks esindaja nii käsitööna palkmajade, masinpalkmajade kui puitkarkassmajade (sh elementmajade) tootjatest.

Eesti Puitmajaliidu juhatuse koosseis 20.03.2017.a. toimunud üldkoosoleku otsusel:

Kaarel Väer - Saare Erek AS (juhatuse esimees)
e-post:
kaarel.vaer@saareerek.ee

Elari Kivisoo - Ritsu AS (juhatuse aseesimees)
e-post: elari.kivisoo@ritsu.ee

Sven Mats - Matek AS 
e-post: sven.mats@matek.ee 

Janek Paabut - EstHus OÜ
e-post: janek@esthus.eu

Renee Mikomägi - EstNor OÜ
e-post: renee@estnor.ee

Tarmo Tammekivi - Tender Ehitus OÜ
e-post: tarmo@tender.ee

Mihkel Urmet - Arhitektuuribüroo TEMPT OÜ
e-post: urmet@tempt.ee